在计算机软件中最重要且最基本的就是操作系统（OS）。它是最底层的软件，它控制所有计算机运行的程序并管理整个计算机的资源，是计算机裸机与应用程序及用户之间的桥梁。没有它，用户也就无法使用某种软件或程序。
操作系统是计算机系统的控制和管理中心，从资源角度来看，它具有处理机、存储器管理、设备管理、文件管理等4项功能。
Linux系统的创始人李纳斯.托瓦兹(LinusTorvalds)认为，Linux系统受欢迎是因为其可以在使用包括英特尔微处理器和IBM及惠普的RISC处理器在内的20多种硬件架构上运行，而与此同时，Unix操作系统仅能在一至两种硬件架构上运行。托瓦兹表示，“当然，这20多种架构中仅有少数与高性能计算有关。但这仍是个巨大的优势。Linux容易获取，没有授权费用，具备一切相应的基础结构，并且在任意硬件上都运行顺畅。”
美国劳伦斯利弗莫尔国家实验室先进技术部门助理副主管马克-西格(MarkSeager)表示，“Linux系统已经主宰了高性能计算的市场。”该实验室有5台超级计算机位列全球顶尖台超级计算机之中，其中包括世界上性能最强大的超级计算机“蓝色基因/L”和排名第5的“雷鸣”。这两台计算机与该实验室的其他超级计算机一样，都安装了Linux操作系统。此前这些机器上安装的是IBM版本的Unix操作系统--AIX操作系统。
Linux目前已成为高性能计算的首选操作系统。据德国曼海姆大学计算机教授汉斯-魏纳-穆尔(HansWernerMeuer)统计，在全球顶尖的台超级计算机中，有台上使用了Linux操作系统，相比之下，只有台使用了Unix操作系统，2台使用了Unix的改进型FreeBSD操作系统，1台使用了微软的操作系统，另有7台上使用的操作系统不详。
据统计，在全球顶尖的台超级计算机中，有约60%安装了Linux操作系统，相对于其他类型的操作系统，Linux系统在高性能计算应用中占据了绝对优势。
